La classification scientifique des espèces
Elle suppose que le monde vivant est séparé en cinq règnes :
» les procaryotes (bactéries et archéobactéries) ;
» les protistes (eucaryotes unicellulaires) ;
» les champignons (eucaryotes multicellulaires) ;
» les végétaux (eucaryotes multicellulaires) ;
» les animaux (eucaryotes multicellulaires).
L'unité de base de la systématique des êtres vivants est l'espèce. Ce taxon est souvent le moins sujet à discussion, les autres nœuds de la classification, famille, classe, embranchement, etc., pouvant varier en fonction des progrès des connaissances phylogénétiques.
Le classement traditionnel des espèces est surtout basé sur la présence (ou l’absence) d’un caractère morphologique.
Le classement repose sur une hiérarchie fixe qui va du règne en passant par l’embranchement, la classe, l’ordre, la famille, jusqu’au genre et l’espèce.
La langue utilisée par les scientifiques pour nommer les espèces est le latin. Une espèce est désignée par un nom de genre, commençant par une majuscule, suivi d'un qualificatif d'espèce en minuscule, puis de l'initiale ou du nom du scientifique qui a décrit l'espèce en premier et enfin de la date de description.
La classification actuelle, si elle s’est depuis longtemps affranchie de la dichotomie végétal – animal, distingue encore fondamentalement les organismes procaryotes des organismes eucaryotes.
Les procaryotes sont unicellulaires, et leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau. Ils possèdent des enzymes localisées dans la paroi cellulaire et se multiplient par scissiparité. Ils constituent le premier règne.
Tous les autres organismes sont appelés des eucaryotes. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau; ils possèdent des organites cellulaires, la multiplication cellulaire a lieu par mitose et ils présentent souvent une reproduction de type sexuée.
Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Les eucaryotes unicellulaires sont appelés des protistes et constituent le second règne.
Enfin, les eucaryotes pluricellulaires sont divisés en 3 règnes, les champignons, les métaphytes (végétaux chlorophylliens) et les métazoaires (animaux pluricellulaires).
**********
La classification phylogénétique est un nouveau système de classification systématique des êtres vivants. Elle pourrait, à plus ou moins long terme, remplacer la classification traditionnelle basée sur des traits phénotypiques et des préférences nutritionnelles.
Initiée par Carl Woese en 1990 à partir de données génétiques, elle montre notamment que les procaryotes pouvaient être divisés en deux groupes trop différents pour pouvoir être identifiés comme un seul.
La première hiérarchie est donc composée de trois domaines :
» 1. Archéobactéries
» 2. Eubactéries
» 3. Eucaryotes
Le domaine des eucaryotes est subdivisé en quatre règnes (reprenant le système de la classification linnéenne).
Les embranchements sont créés en comparant des séquences de petites sous-unités d'ARN. La classification reflète l'existence de cellules à noyau ou sans noyau, et des différences entre parois et membranes cellulaires.
La systématique phylogénétique dans sa version extrême rejette toute catégorisation stricte des niveaux hiérarchiques, à l'exception des concepts d'espèce, de genre, et ceci pour des raisons pratiques. L'arbre du vivant est un ensemble de points de débranchement, et on met autant de débranchements de l'on peut. Idéalement, et à terme, tous les débranchements devraient être binaires. (La reproduction sexuée n'exclut pas la possibilité d'un débranchement non décomposable en débranchements binaires, mais cela resterait une exception.).La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est visible (base de la classification traditionnelle) jusqu'aux séquences d'ADN, y compris de l’ADN mitochondrial ou des séquences d’ARN, surtout ribosomal, en passant par les protéines et les données de la paléontologie.
La classification des espèces commence dans le langage courant : dans toutes les langues, dans toutes les cultures, les animaux et les plantes se sont vus attribuer des noms vernaculaires. Sur le plan scientifique, la volonté de classifier le monde vivant remonte à l’Antiquité. Au ive siècle avant J.-C, Aristote crée la première classification en divisant les êtres vivants en deux règnes : les animaux et les végétaux. Cette vision classique du monde va persister jusqu’à la fin du XIXe siècle. C’est à cette époque qu’Ernst Haeckel « invente » le règne des protistes pour classer les organismes unicellulaires découverts au XVIIe siècle, êtres vivants que l’on avait jusque-là tenté de répartir entre le règne animal et le règne végétal.
Puis, à la suite des progrès dans les techniques d’exploration des cellules, on découvre que certaines ont un noyau qui renferme le matériel génétique, les autres un ADN libre dans le cytoplasme. Une nouvelle division s’impose : les eucaryotes (avec un noyau) d’un côté, les procaryotes (sans noyau) – ou bactéries –, de l’autre. Ces derniers sont alors classés dans un règne à part (initialement appelé monères). Par ailleurs, l’étude des champignons montre que ces êtres vivants ont une paroi cellulaire comme les plantes, mais qu’elle est constituée de chitine, la même molécule qui compose la carapace des insectes ; qu'ils sont immobiles comme les plantes, mais se nourrissent par absorption de matières organiques en décomposition et ne pratiquent pas la photosynthèse. Ces caractéristiques mi-végétales mi-animales conduisent également à les ranger dans leur propre règne (classification de Robert Whittaker en 1969).
À la fin du XXe siècle, on a donc divisé le monde vivant en cinq règnes : procaryotes (unicellulaires sans noyau), protistes (unicellulaires avec noyau), végétaux, champignons, animaux. Mais c’est alors que l’étude de ce qu’on appelle alors les archéobactéries (des procaryotes « archaïques », d’origine très ancienne) montre qu’elles sont très éloignées des bactéries. Rebaptisées archées, elles constituent le dernier en date des six règnes du vivant que l’on reconnaît à l’heure actuelle.
Dans la classification traditionnelle, les règnes sont divisés en un embranchement, eux-mêmes divisés en classes, ces dernières en ordres, à leur tour partagés en familles, constituées de genres, formés chacun de plusieurs espèces. Au XXe siècle, les échelons ont été multipliés (sous-règne, sous-ordre, superfamille, sous-espèce, variété, etc.) au fur et à mesure que s’affinait la connaissance des espèces étudiées. Ces entités sont des niveaux taxinomiques. Lorsqu'on préfère ne pas préciser le niveau taxinomique, par exemple parce qu’il n’y a pas consensus, on emploie seulement le mot « groupe » ou « taxon ».
En classification phylogénétique, le nom d’espèce et celui de genre demeurent, mais tous les noms de niveaux supérieurs ne sont pas conservés. Dans les faits, de nombreux ouvrages utilisent une combinaison des deux approches.
La classification des espèces est un système international : les noms scientifiques des espèces, des genres, des familles, etc. sont les mêmes dans le monde entier. Cela permet de savoir sans ambigüité de quelle espèce ou de quel groupe l’on parle. Et ce en dépit des faux amis auxquels expose la traduction des noms vernaculaires – par exemple, tarentula en anglais = mygale en français, et non tarentule ; penguin en anglais = manchot en français, et non pingouin (que l’on traduit razorbill) – ou des termes désignant plusieurs espèces (comme lobster, en anglais, qui désigne à la fois les homards et les langoustes).
On s'est efforcé de donner à certains niveaux taxinomiques : ordre, famille, etc., une désinence commune. Les noms « officiels » de ces groupes sont en latin avec des majuscules, mais on peut aussi les franciser (alors sans majuscule).
Ainsi, la plupart des familles de plantes et de champignons se terminent en -aceae (-acée en français) : Rosaceae/rosacée (la famille des roses), Chenopodiaceae/chénopodiacée (salicornes, épinard), etc. ; les ordres végétaux (et de champignons) en -ale : Rosales/rosales (rosiers, mûriers, orties...), Magnoliales/magnoliales (magnolias, tulipiers, ylang-ylang...), Nymphaeales/nymphéales (nénuphars, lotus...), etc. ; les embranchements végétaux en phyta/-phyte : Spermatophyta/spermatophytes ou spermaphytes (plantes à graines), Pteridophyta/ptéridophytes (fougères et prêles), Bryophyta/bryophytes (mousses et hépatiques), etc., et les embranchements de champignons en -cota/-cètes : Ascomycota/ascomycètes (levures, morille, truffe...), Basidiomycota/basidiomycètes (champignons à chapeau).
En zoologie, les familles se terminent en -idae pour la forme latine, -idé pour la forme francisée : Scarabeidae/scarabéidés (scarabées), Canidae/canidés (chiens, loups, renards), Siluridae/siluridés (silures), etc. ; les ordres le plus souvent en -forme, que ce soit sous la forme latine ou francisée : Cypriniformes/cypriniforme (carpes, vairons, goujons, poissons rouges...), Passeriformes/passériformes (passereaux), etc.
Depuis Linné, au XVIIIe siècle, chaque espèce est désignée par deux mots latins (ou latinisés) : le nom du genre auquel l’espèce appartient, suivi d'un terme la caractérisant (ce peut être par exemple un adjectif relatif à l’espèce ou son nom vernaculaire en latin, son pays ou sa région d’origine, le nom de son découvreur ou d’un scientifique à qui l’on veut rendre hommage, etc.) : par exemple, Felis catus est le chat, Panthera leo le lion, Daubentonia madagascariensis, l’aye-aye, Vinca minor, la petite pervenche, Mentha piperata, la menthe poivrée. C'est la nomenclature binominale. Les deux mots s’écrivent en italique ; le premier prend une majuscule initiale, le second une minuscule.
Les espèces reçoivent également un nom commun (dit aussi « nom vulgaire », qui est en quelque sorte la vulgarisation du nom scientifique : il est soit repris du nom vernaculaire (ou de l’un des noms vernaculaires, quand il en existe plusieurs), soit « inventé », s’il n’existe pas de nom vernaculaire en français. Pour cela, les scientifiques peuvent utiliser une traduction en français du nom scientifique, une traduction du nom vernaculaire en anglais ou dans la langue du pays d’origine de l’espèce, une transposition du nom local de l’espèce, etc. Par exemple, les hirondelles sont toutes appelées « hirondelles » dans le langage courant. Pour les distinguer, les scientifiques leur ont donné des noms vulgaires différents : l’hirondelle à queue courte (Psalidoprocne nitens), reflet d’une caractéristique morphologique ; l’hirondelle de la mer Rouge (Hirundo perdita), à cause de son aire de répartition ; l’hirondelle de Murphy (Progne murphyi), adaptation de son nom latin (lui-même dérivé du nom de son découvreur) ; l’hirondelle bleu et blanc (Notiochelidon cyanoleuca), traduction de son adjectif en latin ; l’hirondelle de rivage (Riparia riparia), à cause de son mode de vie, etc.
Contrairement au nom vernaculaire, le nom commun ou vulgaire est un nom « officiel » non ambigu. Il existe des instances de normalisation dont le rôle est de choisir ou de créer ces noms (on parle alors de noms normalisés). Mais le travail est immense, et toutes les espèces n’ont pas encore de nom vulgaire, normalisé ou non !
