Les domaines

En biologie, le domaine (néolatinisé en dominium) est dans certaines classifications biologiques le premier niveau de rang au-dessus des règnes. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus traditionnel d'empire, toutefois ces notions ne se recouvrent pas totalement.

Historique

Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés monophylétiques. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes domaine ou empire n'est pas tout à fait neutre. Le mot domaine est généralement rejeté par les taxonomistes qui contestent le modèle à trois domaines de Woese puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique (les bactéries). Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme empire.

Le modèle à trois domaines

Arbre phylogénétique universel montrant les trois domaines selon Guillaume Lecointre & Hervé Le Guyader (2006) et d'après Purificación López-García & David Moreira (2008)2.

La classification de Carl Woese et al. (1977, 1990) distingue trois domaines supposés monophylétiques :

1. le domaine Bacteria (ou Eubacteria) ;
2. le domaine Archaea (ou Archaebacteria) ;
3. et le domaine Eukaryota (ou Eucarya).

Ces taxons comportent des différences fondamentales dans leurs génomes.

Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes.

Variantes

D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :

• modèle à deux empires : Procaryotes (ou Monères) et Eucaryotes.
• modèle à six règnes : Archaebacteria ou Archaea, Eubacteria ou Bacteria, Protista, Fungi, Animalia et Planta

Critiques

Le modèle à trois domaines permet une vision synthétique dans une optique évolutionniste mais ne correspond pas exactement à la phylogénie du vivant.

Pour les systématiciens phylogénétiques, le modèle à trois domaines est mis en défaut s'il se confirme que les eucaryotes émergent parmi les archées d'Asgård. Les archées dans leur ensemble ne constituent donc pas le groupe frère des eucaryotes et les archées seuls (sans les eucaryotes) constituent un groupe paraphylétique. Or, la classification phylogénétique ne reconnaît que des clades (monophylétiques).

Pour les systématiciens évolutionnistes, la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades mais devrait incorporer le concept de grade évolutif (voir aussi empire et plan d'organisation). De ce point de vue, les archées, procaryotes, se distinguent nettement des eucaryotes, lesquels ont beaucoup évolué avec notamment l'acquisition d'un noyau et, par endosymbiose avec une α-protéobactérie, d'une mitochondrie.

Autres rangs taxonomiques

Les rangs taxonomiques utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :

• Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)
• Règne (Regnum)
• Sous-règne (Subregnum)
• Rameau (Ramus, « branch » en anglais)
• Infra-règne (Infraregnum)
  • Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)
  • Embranchement, Division (Phylum, Divisio)
  • Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)
  • Infra-embranchement (Infraphylum)
  • Micro-embranchement (Microphylum)
    • Super-classe (Superclassis)
    • Classe (Classis)
    • Sous-classe (Subclassis)
    • Infra-classe (Infraclassis)
      • Super-ordre (Superordo)
      • Ordre (Ordo)
      • Sous-ordre (Subordo)
      • Infra-ordre (Infraordo)
      • Micro-ordre (Microordo)
        • Super-famille (Superfamilia)
        • Famille (Familia)
        • Sous-famille (Subfamilia)
        • Tribu (Tribus)
        • Sous-tribu (Subtribus)
          • Genre (Genus)
          • Sous-genre (Subgenus)
          • Section (Sectio)
          • Sous-section (Subsectio)
            • Espèce (Species)
            • sous-espèce (subspecies) - dernier rang zoologique officiel
            • variété (varietas) - race étant un rang zoologique informel
            • sous-variété (subvarietas) - sous-race étant un rang zoologique informel
            • forme (forma)
            • sous-forme (subforma)