DOMAINE – BIOLOGIE

En biologie, le domaine (néolatinisé en dominium) est dans certaines classifications biologiques le premier niveau de rang au-dessus des règnes. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus traditionnel d'empire, toutefois ces notions ne se recouvrent pas totalement.  

Historique

Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés monophylétiques¹. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes domaine ou empire n'est pas tout à fait neutre. Le mot domaine est généralement rejeté par les taxonomistes qui contestent le modèle à trois domaines de Woese puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique (les bactéries). Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme empire ^{[réf. nécessaire]}.

Le modèle à trois domaines

Arbre phylogénétique universel montrant les trois domaines selon Guillaume Lecointre & Hervé Le Guyader (2006) et d'après Purificación López-García & David Moreira (2008).

La classification de Carl Woese et al. (1977, 1990) distingue trois domaines supposés monophylétiques :

1. le domaine Eubacteria ou Bacteria
2. le domaine Archaebacteria ou Archaea
3. et le domaine Eukaryota ou Eucarya

Ces taxons comportent des différences fondamentales dans leurs génomes.

Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes.

Variantes

D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :

• modèle à deux domaines (ou empires) : Procaryotes (ou Monères) et Eucaryotes.
• modèle à six règnes : Archaebacteria ou Archaea, Eubacteria ou Bacteria, Protista, Fungi, Animalia et Plantae.

Critiques

Pour les systématiciens phylogénétiques, le modèle à trois domaines est obsolète pour la simple raison que les avancées en matière de phylogénétique semblent montrer que le domaine Eubacteria est en fait paraphylétique, or la classification phylogénétique ne reconnaît que des clades.

Pour les systématiciens évolutionnistes, la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades et devrait incorporer le concept de grade évolutif (voir empire et plan d'organisation).

Autres rangs taxonomiques

Les rangs taxonomiques utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :

• Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)
• Règne (Regnum)
• Sous-règne (Subregnum)
• Rameau (Ramus, « branch » en anglais)
• Infra-règne (Infraregnum)
  • Super-embranchement, Super-division (Superphylum, Superdivisio)
  • Embranchement, Division (Phylum, Divisio)
  • Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)
  • Infra-embranchement (Infraphylum)
  • Micro-embranchement (Microphylum)
    • Super-classe (Superclassis)
    • Classe (Classis)
    • Sous-classe (Subclassis)
    • Infra-classe (Infraclassis)
      • Super-ordre (Superordo)
      • Ordre (Ordo)
      • Sous-ordre (Subordo)
      • Infra-ordre (Infraordo)
      • Micro-ordre (Microordo)
        • Super-famille (Superfamilia)
        • Famille (Familia)
        • Sous-famille (Subfamilia)
        • Tribu (Tribus)
        • Sous-tribu (Subtribus)
          • Genre (Genus)
          • Sous-genre (Subgenus)
          • Section (Sectio)
          • Sous-section (Subsectio)
            • Espèce (Species)
            • sous-espèce (subspecies) - dernier rang zoologique officiel
            • variété (varietas) - race étant un rang zoologique informel^c
            • sous-variété (subvarietas) - sous-race étant un rang zoologique informel
            • forme (forma)
            • sous-forme (subforma)