Le macronucléus est le plus gros des deux noyaux cellulaires chez les ciliés tels que les paramécies. Il est polyploïde et, contrairement au micronucléus, subit une scission directe sans mitose au cours de la division cellulaire. Il contrôle les fonctions cellulaires indépendantes de la reproduction, notamment le métabolisme. Il se désintègre au cours de la conjugaison et un nouveau macronucléus se forme par caryogamie des micronucléus. Il contient des centaines de chromosomes présents chacun en de nombreux exemplaires. Le mécanisme assurant la répartition équitable du génome dans le macronucléus au cours de la division cellulaire reste à élucider.
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