Les plantes cisgéniques ou intragéniques sont des végétaux dans lesquelles seuls des gènes intraspécifiques (propres à l'espèce) sont transférés et/ou modifiés). Il a été proposé de considérer ces plantes comme non-transgéniques c'est à dire non-OGM et de les exempter des règles et des contrôles qui sont obligatoire pour la mise en culture des PGM. L'un des arguments consiste à dire que ces plantes sont semblables aux plantes non génétiquement modifiées puisqu’elles ne contiennent pas de gène étranger. En effet on peut argumenter que le même résultat aurait pu être obtenu par les voie classiques de la génétique quoique probablement avec difficulté.
Il ne nous appartient pas de juger du bien fondé de cette manière de voir. Il faut noter toutefois que de telles plantes pourraient bien être difficile à tracer puisque leur génome ne se distinguerait en rien du génome d'une plante obtenue par voie traditionnelle (mutation, croisement, sélection). Sauf à déposer d'une banque très détaillée d'ADN de toutes les variétés de l'espèce considérée, l'identification de la plante cisgénique se révélera très difficile.
A titre d'exemple d'une approche cisgénique mentionnons l'amélioration des pommiers et la production pomme de terre qui ne noircissent pas. Dans de telle plantes trois gènes : R1 (dikinase), PhL (phosphorylase-L) et Ppo (polyphénoloxydase) sont inactivés par un silençage lié à la surexpression. Un promoteur spécifique des tubercules de pomme de terre est utilisé (celui du gène codant pour l'amidon synthase granulaire) et la séquence de terminaison est celle de l'ubiquitin-3 de pomme de terre. Les plantes produites produisent des tubercules de haute qualité et dont la conservation est améliorée. Le silençage de R1 et PhL empêche les modifications indésirables de l'amidon induite par le froid et le silençage de la Ppo les dégâts produits par les chocs et lésions (noircissement). Seuls les tubercules voient leur biologie modifiée, les feuilles et les tiges ne sont pas affectées par la modification génétique.
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