Les Chromalveolata réunissent les Alvéolés et les Chromistes dans un taxon dont le caractère monophylétique est contesté. Sa compréhension dépend de l'analyse qu'on a de la ou des endosymbioses chloroplastiques. Les Chromistes ont été élevés au rang de règne par T. Cavalier-Smith et donc distingués des autres Protistes ainsi que des Algues, dont ils comportent plusieurs lignées. Le groupe pourrait être proche des Plantes ou des Rhizaria, en tout ou en partie.
Noter que selon des études récentes, le règne des Chromalveolata serait appelé à se scinder en deux règnes distincts :
