ZYGOMYCOTA

Les Zygomycètes sont un groupe polyphylétique de champignons, qui formait traditionnellement la division des Zygomycota. Ils doivent leur nom à leur mode de reproduction sexuée, qui se fait par cystogamie avec formation de zygospores (du grec ancien zugos = couple).

Les études de phylogénétique moléculaire du début du XXIe siècle ont conduit à abandonner ce taxon qui était composé de plusieurs lignées évolutives distinctes. Ses membres ont été répartis entre deux groupes principaux, considérés depuis 2018 comme des sous-règnes à parts entières, les Mucoromyceta et les Zoopagomyceta. La position des Basidiobolomycètes dans cette classification révisée est controversée, mais ils pourraient constituer une troisième branche distincte, les Basidiobolomyceta.

Le sporocyste de Phycomyces sporangium supporté par son sporocystophore

Division

Zygomycota
Moreau, 1954

Ordres de rang inférieur

• classe des Zygomycetes
  • ordre des Dimargaritales
  • ordre des Endogonales
  • ordre des Entomophthorales
  • ordre des Mucorales
  • ordre des Zoopagales
• classe des Trichomycetes
  • ordre des Amoebidiales
  • ordre des Asellariales
  • ordre des Eccrinales
  • ordre des Genistellales
  • ordre des Harpellales
  • ordre des Kickxellales

Très discrets et de taille le plus souvent microscopique, ce sont des champignons à spores dépourvues de flagelles, dans lesquels les cellules ne sont pas séparées par des cloisons, leurs hyphes étant cœnocytiques ou siphonnés, avec de nombreux noyaux dans un même siphon. Ces champignons sont également caractérisés par une abondante reproduction asexuée et une croissance rapide qui leur permettent de coloniser rapidement leur milieu.

Les Glomales, précédemment placées dans les Zygomycota, sont aujourd’hui réparties en quatre ordres et classées dans la division des Glomeromycota. Les autres organismes autrefois inclus dans la division des Zygomycota ont été en 2007 répartis dans quatre sous-divisions non classées dans une division. Benny publie en 2012 une synthèse sur les Zygomycota en reconnaissant neuf ordres  :

• Sept ordres des Zygomycetes :
  • les Dimargaritales
  • les Endogonales
  • les Entomophthorales
  • les Kickxellales
  • les Mortierellales
  • les Mucorales
  • les Zoopagales
• et deux ordres classés par divers auteurs dans les Trichomycetes :
  • les Asellariales
  • les Harpellales

Plus anciennement, on distinguait trois grands ordres dans la classe (paraphylétique) des zygomycètes stricto sensu (Zygomycetes):

• les Mucorales : parfois parasites de l’homme (agents de zygomycoses), ce sont le plus souvent des moisissures, dans bien des cas précieux auxiliaires de l’industrie chimique ou pharmaceutique. Quelques genres : Mucor (nombreuses espèces dont le « poil de chat » des fromages), Absidia, Rhizopus ;
• les Endogonales : abondants dans les sols, ils vivent en symbiose (partenaires endomycorhiziens) avec de nombreuses plantes supérieures, jouant un rôle important dans l’équilibre biologique de certains biotopes ;
• les Entomophthorales : parasites de plantes et d’animaux, parfois utilisés dans la lutte biologique contre des insectes nuisibles.

La classe des Trichomycètes (Trichomycetes) regroupait les ordres suivants :

• les Amoebidiales ;
• les Asellariales (entomogènes, parasites d’insectes) ;
• les Eccrinales ;
• les Genistellales
• les Harpellales (parasites) ;
• les Kickxellales (saprophytes) ;
• les Dimargaritales (parasites) qui présentent des septae avec des pores particuliers, les pores lenticulaires.

Les quatre sous-divisions incertae sedis sont  :

• la sous-division des Entomophthoromycotina,
• la sous-division des Kickxellomycotina,
• la sous-division des Mucoromycotina,
• la sous-division des Zoopagomycotina.

Les analyses actuelles montrent les Zygomycota comme étant polyphylétiques.

• Les Amoebidiales et Eccrinales ont pris place au sein des Mésomycétozoaires, proches de la divergence entre Champignons et Animaux mais plus près de ces derniers.
• Les autres Trichomycètes, aujourd'hui dénommés Kickxellomycotina, restent sans doute proches des Endogonales et Entomophthorales 9.
• Les Mucoromycotina sont peut-être plus proches parents des Gloméromycètes et des « Champignons supérieurs » que des autres Zygomycètes.

En pathologie humaine, les zygomycètes sont à l'origine des mucormycoses (ou zygomycoses), principalement dues aux Mucorales.