ZOOLOGIE
La zoologie (des termes grecs ζῷον, zôon, animal, et λόγος, logos, le discours) est la science qui étudie les animaux. Regroupant plusieurs disciplines et utilisant de nombreuses techniques, cette science s'est lentement élaborée au cours des siècles depuis la Préhistoire. Historiquement, les premières réflexions scientifiques concernant la zoologie qui nous ont été transmises sont celles d'Aristote. Les grandes tentatives de classification des espèces animales ont été nombreuses et souvent remaniées depuis cette époque.
LA DISTINCTION ENTRE ZOOLOGIE ET BOTANIQUE
La frontière entre la zoologie, qui étudie les animaux, et la botanique, qui étudie les végétaux, a été et est toujours sujette à controverses. Certains êtres vivants, considérés comme végétaux, se sont révélés être des animaux ; le cas de certains autres est toujours, à l'aube du XXIe siècle, sujet à discussions. Pour ces êtres vivants atypiques, l'appartenance à l'une ou l'autre des sciences s'est trouvée modifiée grâce aux avancées et découvertes techniques ou scientifiques (entre autres la microscopie ou l'analyse de l'ADN).
Si la plupart des Métazoaires ont toujours été placés parmi les animaux, certains Métazoaires inférieurs étaient encore au XIXe siècles placés dans une catégorie particulière nommée "Zoophytes" (étymologiquement : animaux-plantes). Ce grand groupe comprenait traditionnellement les Spongiaires, les Cnidaires, les Cténophores et les Bryophytes. Carl von Linné classait dans cette catégorie des Mollusques comme la Seiche, l'Aplysie, l'Holothurie, mais aussi les Échinodermes (oursins et étoiles de mer). Ce n'est qu'en 1744 que Jean André Peyssonnel reconnut le corail comme un animal ; de même, les Spongiaires ne furent reconnus comme animaux qu'en 1825.
Le cas des Protozoaires est encore plus problématique. L'étude des êtres vivants unicellulaires révèle des formes ambigües où la distinction entre animal et végétal n'est pas absolue. Certains d'entre eux, comme l'euglène ou certains Péridiniens qui peuvent avoir une alimentation autotrophe ou hétérotrophe, ont longtemps été placés à la frontière entre les deux disciplines. Ainsi certains organismes unicellulaires sont pourvus de chlorophylle (caractère de l’« état végétal »), sont mobiles et ont une membrane cellulaire souple (caractère de l’« état animal »).
Dans la seconde moitié du XIXe siècle, Ernst Haeckel, considérant que la coexistence de ces caractères était héritée d'ancêtres communs aux animaux et aux végétaux, définit pour les organismes unicellulaires le règne des Protistes (Protista) en 1866. La protistologie, étude scientifique des Protistes, se retrouva alors rattachée à la fois à la zoologie et à la botanique. Toutefois, une certaine dichotomie traditionnelle demeura : les zoologistes étudiant les formes à « affinité animale » et les botanistes les formes à « affinité végétale ». Les délimitations et classifications des Protistes proposées par les savants divergent donc considérablement selon la discipline concernée. Les chercheurs ont tenté de délimiter les deux règnes « animal » et « végétal », qui tendent à se confondre au sein des Flagellés, par la distinction des Zooflagellés et des Phytoflagellés.
Pour les biologistes qui, comme Cavalier-Smith à la fin du XXe siècle, recommandent de ne pas utiliser le terme d'« animaux unicellulaires », la zoologie est l'étude des animaux et des protozoaires.
Au début du XXIe siècle, les données de la biologie moléculaire permettent d'apprécier de façon plus fiable les relations de parenté entre les lignées d'organismes vivants.
- Alveolata : Une étroite parenté a été mise en évidence entre Ciliés, Sporozoaires et Dinoflagellés. Les deux premiers groupes étaient antérieurement rattachés aux animaux (Protozoaires) et le troisième aux végétaux (Phytoflagellés / Protophytes), d'après l'absence ou la présence de chlorophylle.
- Amoebozoa : Plusieurs familles d'amibes proprement dites, anciens Protozoaires rhizopodes, comprenant aussi bien des espèces libres comme Amoeba proteus (ou Chaos diffluens) que des espèces parasites comme Entamoeba histolytica, se retrouvent classées avec la plupart des lignées de moisissures visqueuses, anciens champignons Mycétozoaires.
- Euglenozoa : Les Trypanosomes incolores (par exemple Trypanosoma brucei, l'agent pathogène de la maladie du sommeil) sont proches des Euglènes chlorophylliens.
- Percolozoa ou Heterolobosea : Une famille amibienne, rassemblant les amibes vahlkampfiides, d'anciens Protozoaires rhizo-flagellés, autour du genre Naegleria vivant en eau stagnante, est apparentée à une lignée de moisissures visqueuses dites acrasiales, anciens champignons Mycétozoaires.
- Rhizaria : D'anciens Protozoaires rhizopodes, les Foraminifères et les Radiolaires, sont regroupés avec des lignées nouvelles de Protistes cercozoaires, parfois chlorophylliens comme les Chlorarachniophytes et des amibes euglyphides du genre Paulinella.
- Stramenopiles ou Heterokonta : Une même lignée réunit d'anciens Protozoaires, les Opalines (entre autres, des parasites de la vessie des grenouilles), d'anciens champignons Oomycètes (dont Plasmopara viticola, l'agent pathogène du mildiou de la Vigne) et des algues brunes pluricellulaires, comme les Fucuset les Laminaires.
- Opisthokonta : L'ancien règne animal, diminué de la plupart des formes unicellulaires qui lui avaient été rattachées, se révèle proche d'un groupe renfermant la majorité des anciens champignons Eumycètes. Parmi les formes unicellulaires, seul le groupe des Choanoflagellés ou Choanomonada demeure directement apparenté aux Métazoaires dont il constitue le groupe frère.
Les méthodes modernes de la cladistique ont permis de distinguer la lignée verte (qui concerne indiscutablement la botanique et la phycologie), les opisthochontes(qui concernent la zoologie et la mycologie), la lignée brune (phycologie) et diverses lignées dont l'appartenance à telle ou telle discipline n'est pas toujours résolue.
La distinction entre zoologie et botanique devient floue au point qu'il est supputé en 2012 que, parmi les Métazoaires, des animaux marins (Cnidaires tels les coraux et les anémones de mer) se transforment en végétaux par endosymbiose avec des algues chlorophylliennes : les zooxanthelles, Dinophytes photosynthétiques qui les pourvoient en matières organiques. Dans certains cas, ces algues endosymbiotiques se transmettent d'une génération à l'autre par les ovules de l'hôte, sur le modèle de l'hérédité des plastes dans les végétaux.
