Acetobacter indonesiensis

les infections bactériennes inhabituelles et multirésistantes sont de plus en plus signalées chez les patients atteints de fibrose kystique (FK) ( 1 ). Le 25 janvier 2007, un homme de 31 ans atteint de mucoviscidose (mutation ΔF 508 et I 507) a été admis dans notre établissement de Marseille, en France, pour transplantation pulmonaire. Son traitement immunosuppresseur comprenait la cyclosporine A par voie intraveineuse (pendant les 6 premiers jours avec conversion en tacrolimus par voie orale), l'azathioprine et les corticostéroïdes. Un traitement d'induction utilisant de la globuline antithymocyte a été administré pendant les trois premiers jours (Thymoglobuline, Genzyme Corporation, Naarden, Pays-Bas). Depuis 2003, le patient était colonisé de manière chronique par Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), Pseudomonas aeruginosa (sensible uniquement à la colistine sulfométhate) et Candida albicans. Un traitement préventif avec des agents antimicrobiens, y compris le sulfisthate de colistine, le sulfate de tobramycine, la ceftazidime et le linézolide a été administré à partir du premier jour suivant la greffe; de la caspofongine prophylactique, suivie de l’amphotéricine B inhalée, a été administrée le premier mois. Six et neuf jours, respectivement, après la chirurgie, les crachats du patient ont montré une infection à P. aeruginosa et à SARM.

Le onzième jour postopératoire, l'état clinique du patient s'est aggravé. Les leucocytes ont augmenté à 13,84 × 10 ⁹ / L. En plus de P. aeruginosa (10 ⁴ UFC / mL) et de SARM (10 ³ UFC / mL), la culture d’échantillons d’expectorations ultérieurs a permis la croissance de 10 ⁴ UFC / mL de bactéries gram-négatives, catalase positives et oxydases négatives. Bacille (isolat 7120034) sur gélose CEPACIA (AES, Combourg, France) après 72 heures d'incubation à 30 ° C. Les systèmes API 20NE, API 20E et VITEK 2 Auto (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France) n'ont pas identifié le bacille. Cette bactérie était multirésistante aux agents antimicrobiens, y compris la colistine, et n'était sensible qu'à l'imipénem, ??à la rifampine et aux aminosides. L'identification finale de cet isolat comme étant Acetobacter indonesiensis a été réalisée après séquençage partiel du gène de l'ARNr 16S, comme décrit précédemment ( 2 ) (numéro d'enregistrement GenBank AJ199841, similarité à 99%). La séquence de notre isolat a été déposée à GenBank sous le numéro d’accession. EF681860 . La figure montre la position phylogénétique de l'isolat 7120034 parmi d'autres bactéries à Gram négatif.

Arbre phylogénétique montrant la position de Acetobacter indonesiensis (isolat 7120034, n ° d’accession GenBank EF681860 ), en caractères gras , dans les bactéries de l'acide acétique et autres bâtonnets à Gram négatif. L'arbre était basé sur la comparaison de l'ADNr 16S par la méthode de jonction de voisins. Les nombres le long des branches indiquent les valeurs de bootstrap.

La tobramycine a été arrêtée au 11ème jour, la colistine et la ceftazidime ont été arrêtées au 14ème jour postopératoire, le linézolide a été maintenu pendant 10 jours supplémentaires et de la gentamicine (pendant 13 jours) a été ajoutée à la pharmacothérapie du patient le 10 février. Malgré ce traitement, A. indonesiensis a été mis en culture à partir de crachats obtenus le 16 février (10 ⁴ UFC / mL) et le 20 février (10 ² UFC / mL), respectivement. Six jours plus tard, les leucocytes ont chuté à 8,62 × 10 ⁹ / L et l'état du patient s'est amélioré. Il a été libéré début mars. Pendant 7 mois de suivi, la souche A. indonesiensis n'a pas été retrouvée.

Les bactéries de l'acide acétique sont des bacilles à Gram négatif classés dans les genres Acetobacter, Gluconobacter, Gluconacetobacter, Acidomonas et le genre récemment décrit Asaia ; ces bactéries appartiennent au sous-groupe α de protéobactéries Les isolats de cette famille sont reconnus comme des bactéries associées aux aliments et peuvent se développer à un pH acide. Des agents pathogènes émergents ont été signalés chez trois espèces: Asaia bogorensis (dans le cas d'une péritonite chez un patient porteur d'un cathéter de dialyse péritonéale : Granulibacter bethesdensis (dans 3 cas de lymphadénite associée à une maladie granulomateuse chronique et Acetobacter cibinongensis (cas récent de bactériémie chez un patient sous hémodialyse chronique pour insuffisance rénale au stade terminal.

A. indonesiensis a été isolé de fruits et de fleurs en Indonésie : seuls 3 rapports à ce sujet ont été publiés. Chez notre patient, nous pensons que cette bactérie multirésistante était la principale cause de l'infection, car le patient a finalement été guéri après un traitement médicamenteux antimicrobien adapté. Comme cette bactérie se développe facilement à pH acide, une condition classique du liquide de surface des voies respiratoires des FC, l’acidité pourrait contribuer à l’adhésion et à la colonisation bactérienne. Comme les bactéries de l'acide acétique n'ont jamais été isolées de la flore humaine, la source de contamination de notre patient reste inconnue.

Nous rapportons également la sensibilité aux antimicrobiens de cette bactérie. Il était multirésistant, notamment à la colistine. Les résultats de sensibilité aux médicaments antimicrobiens ont été obtenus en utilisant le système Vitek 2 Auto en raison de l’absence de croissance sur l’agar de Mueller-Hinton. Ce schéma était également le cas pour G. bethesdensis. La sensibilité antimicrobienne d’A. cibinongensis n'a pas pu être validée en raison du manque de reproductibilité inter-essais. Un traitement médicamenteux antimicrobien initial pour ce patient avec de l'amoxicilline, de la pristinamycine et de la céfazoline n'a pas guéri le patient; il a finalement été guéri après le passage du traitement à la tobramycine.

Nos résultats soulignent de nouveau l'émergence de nouveaux agents pathogènes résistants à la colistine chez les patients atteints de mucoviscidose, comme récemment rapporté pour Inquilinus limosus. L'utilisation clinique accrue de la colistine nébulisée dans le traitement de l'infection à P. aeruginosa chez les patients atteints de mucoviscidose peut sélectionner des bactéries spécifiques résistantes à la colistine dans ces populations. En résumé, ce rapport sur une infection des voies respiratoires causée par A. indonesiensis après une transplantation pulmonaire chez un patient français atteint de FK confirme que cette bactérie multirésistante peut être un pathogène opportuniste émergent chez les patients immunodéprimés, y compris les patients CF atteints de transplantation pulmonaire.

Acetobacter indonesiensis, décrite pour la première fois en 2000, appartient au groupe des bactéries de l'acide acétique (AAB), qui comprend les genres Acetobacter , Gluconobacter , Asaia , Granulibacter et d'autres de la famille des Acetobacteraceae. Les AAB présentent un grand intérêt industriel pour une utilisation dans les procédés de fermentation du vinaigre, car ils oxydent incomplètement les alcools ou les sucres, ce qui conduit à une accumulation d'acide acétique. Les AAB sont très répandus dans la nature et peuvent être isolés de diverses sources, notamment le vinaigre, les boissons alcoolisées, les fruits tropicaux et les fleurs. Les AAB ont rarement été associés à des maladies humaines. Nous décrivons un cas de bactériémie à A. indonesiensis chez un enfant en Allemagne.

Une fillette de 9 ans atteinte de leucodystrophie métachromatique tardive infantile a été admise au Marienhospital Herne, à Herne, en Allemagne, le 9 février 2015, pour une fundoplicature élective. En raison de son handicap neurologique avancé, elle a eu besoin de soins infirmiers complets et de plusieurs dispositifs médicaux invasifs, dont un cathéter à orifice (données détaillées sur les patients dans l'annexe technique ). Peu de temps après son admission, de la fièvre s'est développée et les niveaux de protéine C-réactive ont augmenté (Tableau 1 de l'annexe technique ). L'examen physique et d'autres examens diagnostiques (p. Ex. Radiographie thoracique) n'ont révélé aucun foyer d'infection. Comme elle avait eu une pneumonie et une candidémie récurrentes (cette dernière avait conduit à un échange de cathéter portuaire un mois auparavant), un traitement antimicrobien à base de pipéracilline / tazobactam et de caspofungine avait été administré.

Une hémoculture, extraite du cathéter portuaire le troisième jour du séjour à l'hôpital, a donné des bactéries multirésistantes à croissance lente (la diffusion de gélose ne permettait d'inhiber que les zones d'imipénem, ??de méropénème, de fosfomycine et de tigécycline). Par séquençage partiel du gène de l'ARNr 16S, nous avons identifié l'isolat comme étant A. indonesiensis. L'annexe technique en ligne fournit des détails sur les analyses microbiologiques, les caractéristiques morphologiques des colonies, l'analyse phylogénétique à base d'ADNr 16S et les résultats des tests de sensibilité aux médicaments antimicrobiens.

Le patient ayant répondu cliniquement au traitement par la pipéracilline / tazobactam et la caspofungine, le traitement a été poursuivi pendant 15 jours, bien que la pipéracilline / tazobactam n'ait montré aucune activité in vitro contre l'isolat d'A. Indonesiensis. Malgré l’amélioration de l’état de la patiente, 1 hémoculture de contrôle prélevée dans le port le 10e jour d’hôpital, alors qu’elle recevait un traitement antimicrobien, a donné A. indonesiensis , bien qu’une autre L'échange de cathéter de port a été conseillé mais n'a pas été effectué, selon les souhaits des parents.

Le premier signalement d'infection humaine par l'AAB remonte à 2004, date à laquelle une péritonite associée à Asaia bogorensis a été rapportée chez un patient dialysé péritonéal. D'autres rapports incluent une description de Granulibacter bethesdensis en tant que cause de la lymphadénite chez les patients atteints de maladie granulomateuse chronique, isolement de Gluconobacter spp. provenant d'une culture de sang provenant d'un utilisateur de drogue par voie intraveineuse et de Gluconobacter spp. et Asaia spp. à partir d'échantillons d'expectorations de patients atteints de fibrose kystique, d'un cas de bactériémie à A. bogorensis chez un utilisateur de drogues injectables et de cas associés à un cathéter veineux central de bactériémie à Asaia lannaensis chez un enfant cancéreux ayant subi une greffe de moelle osseuse et chez les enfants atteints de cardiomyopathie dilatée idiopathique.

En ce qui concerne Acetobacter spp. 2 cas d'infection humaine seulement ont été publiés: bactériémie à A. cibinongensis chez un patient traité par hémodialyse chronique avec signes d'une fistule artério-veineuse suspectée d'abus de drogues par voie intraveineuse  et de pneumonie à A. indonesiensis chez un patient atteint de fibrose kystique qui recevait un traitement immunosuppresseur en raison d’une greffe récente du poumon. Comme dans le cas que nous rapportons, l'identification des espèces dans ces cas n'a été réalisée qu'avec l'aide de méthodes de séquençage dans les deux cas. Dans le cas de pneumonie à A. indonesiensis, les résultats des tests de sensibilité aux médicaments antimicrobiens ont révélé que la bactérie présentait une multirésistance, comme dans le cas que nous rapportons, mais une sensibilité aux aminosides.

Il est à noter que les infections à AAB susmentionnées sont toutes survenues chez des patients atteints de maladies chroniques ou des utilisateurs de drogues injectables. De même, les enfants atteints de leucodystrophie métachromatique sont sujets aux infections associées à des soins de santé et à des dispositifs impliquant des agents pathogènes opportunistes, et l'utilisation fréquente d'antibiotiques à large spectre peut les prédisposer aux infections par des bactéries multirésistantes. Dans le cas que nous rapportons, l'accès fréquent au port, y compris pour la nutrition parentérale, pourrait avoir favorisé la colonisation microbienne.

Étant donné que le foyer d'infection n'était pas apparent et qu'A. Indonesiensis s'est développé dans 2 hémocultures prélevées indépendamment du port mais non dans l'hémoculture obtenue à partir d'une ponction veineuse périphérique, nous supposons que le cathéter portuaire du patient hébergeait l'agent infectieux. Le fait que plusieurs infections AAB précédemment rapportées étaient associées à un cathéter peut renforcer notre suspicion. Cependant, nous n'avons pas pu confirmer cette hypothèse car le port n'a pas été enlevé ni cultivé.

Le patient a répondu cliniquement au traitement à la pipéracilline / tazobactam et à la caspofungine malgré un manque d’activité in vitro contre l’isolat d’A. Indonesiensis . Bien que cette réponse puisse s'expliquer par la présence d'un deuxième agent pathogène (non cultivé mais couvert par les agents antimicrobiens donnés), la culture de sang de contrôle prélevée dans le port a toujours permis de détecter A. indonesiensis et plaide au moins pour une colonisation persistante du port. . En raison de la persistance de l'agent pathogène dans l'hémoculture et des options thérapeutiques limitées en raison de la multirésistance de l'isolat, nous pensons que le port aurait dû être supprimé dans ce cas.