Acetobacter persici
Cinq isolats de bactéries acétiques, awK9_3, awK9_4 (5LMG 27543), awK9_5 (5LMG 28092), awK9_6andawK9_9, obtenus au cours d'une étude de micro-organismes présents dans le keke produit traditionnellement, ont été regroupés sur la base de leur profil MS MALDI-TOF avec LMG 1530 et LMG 1531T, les deux souches actuellement classées comme membres du genre Acetobacter. Une analyse phylogénétique basée sur des séquences complètes de gènes d’ARNr 16S ainsi que sur des séquences partielles concaténées de la famille de tenue de registres. La similarité par paire des séquences géniques de l'ARNr 16S entre LMG1531T et les souches types des espèces susmentionnées était de 99,7%, 99,1%, 98,4% et 98,2%, respectivement. Les hybridations ADN-ADN ont confirmé ce statut, alors que les données de polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP) et d'ADN polymorphe amplifié aléatoire (RAPD) indiquaient que LMG1531T, LMG 1530, LMG 27543 et LMG 28092 représentaient au moins deux souches différentes de la nouvelle espèce. Les acides gras principaux de LMG 1531T et LMG 27543 étaient C18: 1v7c. L'Ubiquinone majeure présente était Q-9 et les teneurs en ADN G + C de LMG 1531T et de LMG 27543 étaient respectivement de 58,3 et 56,7% en moles. Les souches ont pu se développer sur du D-fructose et du D-sorbitol en tant que source de carbone simple. Ils ont également pu croître sur un extrait de levure contenant 30% de D-glucose et sur un support standard de pH 3,6 ou contenant 1% de NaCl. Ils avaient une faible capacité à produire de l'acide à partir de D-arabinose. Ces caractéristiques ont permis de se différencier de leurs voisins phylogénétiques les plus proches. Thename Acetobacter sicera esp. nov. est proposé avec LMG 1531T (5NCIMB 8941T) comme souche type.
Les bactéries de l'acide acétique (AAB) sont des bactéries à Gram négatif, en forme de coccoïde ou en forme de tige, obligatoirement aérobies et omniprésentes dans l'environnement. Ils se rencontrent dans des niches sucrées et alcooliques légèrement acides comprenant plusieurs aliments et boissons fermiers traditionnels (Kersterset et autres, 2006; Lisdiyantiet et autres, 2003). De ces dernières sources, des souches de membres du genre Acetobacterin, en particulier, sont isolées (Lisdiyantiet al., 2003). La souche LMG 1531T, un mutant non producteur de cellulose, la souche LMG 1530, isolée du cidre (Shimwell & Carr, 1958), est phénotypiquement similaire et apparenté phylogénétiquement à Acetobacter aceti (Cleenwercket et al., 2002; Gossele ?et et al., 1983; Shimwell et Carr, 1958), mais exclu de cette espèce en raison du polymorphisme à longueur de fragment amplifié (AFLP) et (GTG) 5-PCR fingerprintdata et sa faible valeur de parenté ADN – ADN (, 60%) avec true A. acetistrains (Cleenwercket al., 2009; De Vuystet al., 2008; Papalexandratouet al., 2009). Au cours d'une étude sur les micro-organismes présents dans un kéfir concentré fabriqué industriellement avec du sirop comme source supplémentaire de carbone et prêt à être mis en bouteille et consommer, les bactéries d'acide acétique ont été isolées comme suit. L'échantillon de kéfir a été dilué en série à 1026 dans de l'eau physiologique (0,85% p / v, NaCl) et étalé sur de la gélose au moyen d'acide acétique (AAM) [1%, p / v, D -glucose; 1,5%, poids / volume, peptone bactériologique (Oxoid); 0,8% en poids d'extrait de levure (Oxoid); 0,3% en volume d'acide acétique; 0,5%, v / v, éthanol; 0,32%, volume / volume d'acide chlorhydrique et 1,5%, poids / volume, gélose (Lisdiyantiet al., 2001)], contenant 200 p.p.m. cycloheximide et 5 p.m.mamphotéricine B. De l'acide acétique, de l'éthanol, de l'acide chlorhydrique, du cycloheximide et de l'amphotéricine B ont été ajoutés au milieu d'isolation après stérilisation. Les milieux inoculés ont été incubés en aérobiose à 30 ° C pendant 5 jours. Les isolats ont été déréglés par MS-MALDI-TOF (désorption / ionisation-temps de vol au laser assistée par matrice), une technique rapide et précise permettant l'identification de nombreuses espèces de bactéries, y compris l'AAB (André Es-Barraoet al., 2013; Anhalt et Fenselau, 1975; Claydonet al., 1996; Krishnamurthy & Ross, 1996), en utilisant la méthode décrite précédemment (Wiemeet al., 2012). Cinq isolats présentaient des spectres de masse identiques avec un niveau élevé de similitude avec ceux de LMG 1531T et LMG 1530, ce qui était révélateur de la similarité avec le niveau de l'espèce (Fig. 1 et Fig. S1 disponibles dans le Matériel supplémentaire en ligne). Deux de ces isolats, awK9_4 et awK9_5, ont été sélectionnés pour être examinés plus en détail et ont été déposés dans la collection coordonnée belge de micro-organismes / Laboratorium voor Micro-biologie Ghent (BCCM / LMG) sous les cotes LMG27543 et LMG 28092, respectivement. La séquence complète du gène de l'ARNr 16S a été déterminée pour les souches LMG 27543, LMG 28092 et LMG1530 comme décrit précédemment (Snauwaertet al., 2013). Ces séquences ont été comparées aux séquences géniques de l'ARNr 16S de LMG 1531T (AJ419840) et aux souches types des espèces du genre Acetobacter avec les noms valablement publiés extraits de la base de données EMBL ou déterminés comme faisant partie de la présente étude (par exemple, Acetobacter nitifigensLMG 23498T, HG4244) Mathématiques appliquées). Les souches LMG 1531T et LMG1530 ont été identifiées comme étant les parents les plus proches de LMG 27543 et de LMG 28092, les deux avec une similitude de séquence par paire de 99,9%, tandis que A. acétiandA. Les azote-azote ont été trouvés comme les espèces les plus étroitement apparentées avec des noms validement publiés, présentant des séquences par paires équivalentes à 99,7 et 99,1% avec LMG 27543, respectivement. Les similitudes avec d'autres espèces du genre Acetobacter étaient inférieures à 98,7%. Les séquences géniques de l'ARNr 16S du LMG 27543, du LMG 28092, du LMG 1530 et du LMG 1531T et de tous les types de souches du genre Acetobacter ont été alignées contre la base de données SILVAbacteria à l'aide du pipeline Mothur (Quastet al., 2013; Schlosset al., 2009). Par la suite, des arbres phylogénétiques basés sur 1312–1320 nt ont été reconstruits avec MEGA6 en utilisant les méthodes du maximum de vraisemblance (ML) et de jonction entre voisins (Felsenstein, 1981; Saitou et Nei, 1987).
