Clavibacter michiganensis

Clavibacter, également connu sous le nom de Ring Rot, est un genre inhabituel de bactéries phytopathogènes en ce sens qu'il est gram-positif et n'a pas de système de sécrétion de type trois . Toutes les espèces et sous-espèces de Clavibacter ont une paroi cellulaire de type B2y réticulée au niveau d'un résidu de diaminobutyrate . Clavibacter est une bactérie aérobie de morphologie corynéforme . Il n'y a pas de mycélium et pas de spores produites. 

Clavibacter michiganensis infecte l'hôte principal de l'une des trois manières suivantes: blessures, hydathodes ou par graines contaminées. Si les bactéries atteignent un quorum approprié, le résultat est une infection vasculaire systémique. Dans les premiers stades de l'invasion, C. michiganensis réside en tant que pathogène biotrophique dans les vaisseaux du xylème . 

Clavibacter a une histoire complexe de noms taxonomiques. Pendant longtemps, il n'y avait qu'une seule espèce reconnue au sein du genre Clavibacter. Il existe neuf sous-espèces au sein de l’espèce michiganensis. Récemment, certaines souches ont été reclassées dans d'autres genres. Cette histoire complexe découle de la difficulté à caractériser les bactéries . Contrairement aux champignons , la morpholologie des bactéries n'est pas très suffisante à des fins taxonomiques. À cette fin, les souches d'une bactérie phytopathogène, appelées pathovars , se distinguent par des cultures (milieux sélectifs), physiologiques, biochimiques (par exemple des enzymes sécrétées les réponses chimiques de la plante) ou les caractéristiques pathologiques (y compris la gamme d'hôtes sensibles). 

Récemment, deux souches de cette bactérie - subsp. sepidonicum et subsp. michiganensis - ont eu leurs génomes séquencés et annotés. Il y a encore beaucoup à découvrir sur cette interaction pathogène-hôte, mais maintenant que le génome a été séquencé, le taux de découvertes va probablement augmenter. L'un des principaux objectifs de la recherche sur ces génomes bactériens est de développer des variétés résistantes. Malheureusement, aucune variété résistante n'a encore été trouvée. 

Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus est un phytopathogène exotique de premier plan de statut de quarantaine A2 qui affecte uniquement les pommes de terre. Il provoque une maladie des pommes de terre connue sous le nom de «pourriture annulaire» en raison de la façon dont il pourrit les tissus vasculaires à l'intérieur des tubercules de pomme de terre  Il est présent dans certaines régions d' Europe mais est soumis à un contrôle légal en vertu de la « directive 93/85 / CEE du Conseil» du 4 Octobre 1993 sur la lutte contre la pourriture annulaire de la pomme de terre. Cela signifie qu'en cas d'épidémie, l'épidémie doit être maîtrisée et si possible la maladie doit être éradiquée. Si nécessaire, des interdictions sont mises en place pour empêcher une nouvelle propagation.

Une plante présentant des symptômes de pourriture annulaire doit être signalée à l'autorité phytosanitaire locale.

Hôtes et symptômes

Le subsp. sepidonicus est un pathogène économiquement important car il n'affecte que la pomme de terre, qui était le 12e produit de base le mieux classé en 2009, générant 44 128 413 000 $ dans le monde.  Comme toutes les bactéries du genre Clavibacter michiganesis subsp. sepidonicus provoque une infection vasculaire systémique en envahissant les vaisseaux du xylème et en s'y multipliant, ce qui conduit parfois à des vaisseaux du xylème bouchés. Lors du diagnostic d'un subsp. sepidonicus chez la pomme de terre, recherchez une décoloration de l'anneau vasculaire dans le tubercule qui a été décrit comme «vitreux» ou «imbibé d'eau» avec le suint à l'intérieur ayant une «consistance semblable à du fromage». 

Les symptômes de la «pourriture annulaire» de la pomme de terre sont le jaunissement des marges des feuilles qui deviennent plus tard brunes et donnent l'impression d'être brûlées. Les tubercules pourrissent de l'intérieur, progressant parfois pour laisser des coquilles creuses. La pourriture des tubercules est le symptôme le plus courant. Les terres infectées ne peuvent pas être réutilisées pour les cultures sensibles pendant plusieurs années. Entre autres, les États-Unis , le Canada , de nombreux États de l' UE et les pays du Moyen-Orient n'ont pas encore été en mesure d'éradiquer ce pathogène.

Cycle de la maladie

L'agent causal de la pourriture annulaire de la pomme de terre hiverne de différentes manières. La bactérie survit dans les tubercules infectés à la fois au stockage et au champ. Les tubercules malades infectent alors les tubercules nouvellement plantés. La bactérie peut également être trouvée sous forme de boue séchée sur des machines ou des conteneurs. Par exemple, si un couteau coupe un tubercule infecté, les 20 tubercules suivants que le couteau coupe ont un risque élevé d'être infectés.  La bactérie pénètre dans l'hôte par des blessures et envahit le xylème où elle se multiplie par fission binaire . Si la colonisation réussit, les bactéries peuvent boucher les vaisseaux du xylème. Aux stades avancés de l'infection, les bactéries se déplaceront hors des vaisseaux et décomposeront le parenchyme environnant issu avant de passer dans de nouveaux vaisseaux. Les bactéries peuvent également envahir les racines et les détériorer. 

C. sepidonicus se propage par le sol contaminé, les surfaces, les semences infectées, les eaux de lavage, les déchets de pommes de terre infectés, etc. Il peut survivre sur les murs des entrepôts, les boîtes, les sacs, etc. sous forme d'exsudat bactérien séché. Il est également capable d'hiverner dans le sol en association avec des débris végétaux. C. sepidonicus ne survivra dans le sol que tant que le tissu hôte dans lequel il réside persiste et résiste à la décomposition par des microorganismes saprophytes dans le sol. Cette faible capacité de compétition en tant que saprophyte en l'absence d'hôte sensible fait de Clavibacter sp. connu sous le nom d'envahisseurs du sol par opposition aux habitants du sol. 

Environnement

L'Europe du Nord, du Nord-Ouest et centrale a des climats favorables à la virulence. La maladie se multiplie rapidement et survit plus longtemps dans des environnements plus froids autour de 21 ° C. Dans des conditions favorables, le pathogène peut survivre 63 mois dans des tiges de pomme de terre infectées et 18 mois dans des sacs de jute .

La gestion

Au Royaume-Uni, les inspecteurs de la santé des plantes et des semences du DEFRA (PHSI) et le SEERAD mènent des enquêtes annuelles sur les pommes de terre de consommation et de semence . Les échantillons sont envoyés au Fera Science, anciennement connu sous le nom de Central Science Laboratory (pour l' Angleterre et le Pays de Galles ) et à la Scottish Agricultural Science Agency (SASA) (pour l' Écosse ) pour des tests d'infection latente (infectés mais ne présentant pas de symptômes). Les cultures infectées une fois identifiées sont interceptées, mises en fourrière et détruites. texte supplémentaire. Dans l'UE, des installations de quarantaine et des licences sont nécessaires pour obtenir, détenir et / ou travailler avec les bactéries et au Royaume - Uni ,Les licences d'exportation du Département du commerce et de l'industrie (DTI) sont nécessaires pour l'exporter vers des pays en dehors de l'UE, que ce soit via un pays tiers ou non. Le dernier foyer connu au Royaume-Uni remonte à août 2004. 

Il n'y a pas de produits chimiques pour traiter la pourriture annulaire de la pomme de terre. Il n'y a pas non plus de variétés résistantes. Si un tubercule est testé positif pour Clavibacter michiganensis subsp. sepidonicus , les autorités compétentes doivent être immédiatement contactées car il s'agit d'une maladie de quarantaine aux États-Unis ainsi qu'en Europe. 

Subsp. sepidonicus présente un danger de dispersion sur de longues distances en raison de sa capacité à survivre dans les graines.