Colletotrichum musae

Colletotrichum musae est un phytopathogène qui affecte principalement le genre Musa , qui comprend les bananes et les plantains . Il est surtout connu en tant que cause de l’anthracnose (les taches noires et brunes) indiquant la maturité des bananes.

L'anthracnose des bananes est une grave maladie de conservation qui pénalise fortement les exportations en provenance de la Guadeloupe. Les populations pathogènes de « Colletotrichum » isolées de bananier se distinguent par une vitesse de croissance rapide, une sporulation abondante, un mycélium peu cotonneux et forment des apressoria très lobés. Ces isolats sont les seuls à former des lésions sur fruits verts blessés et ont été assimilés à l'espèce #C. musae# ; les autres à #C. acutatum# et #C. gloeosporioides#. Une importante variabilité dans les niveaux de contamination des fruits et leur sensibilité à #C. musae# a été mise en évidence au sein des bananeraies guadeloupéennes, en fonction de facteurs techniques et environnementaux. Une technique de quantification des niveaux de contamination, utilisable à un stade suffisamment précoce pour être indépendante de la physiologie des fruits, a été développée. L'application de fortes doses d'éthylène pendant 6 jours, à la température de 32°C, permet de révéler les infections quiescentes sur des fruits immatures âgés seulement de 4 semaines. La pollution des fruits se réalise principalement à partir d'un auto-inoculum produit sur les pièces florales et la bractée inférieure du régime. Cet inoculum est essentiellement formé au cours du premier mois après l'émergence de l'inflorescence, puis décroit rapidement. En absence d'eau, son transport à la surface des fruits est pratiquement inexistant. Le gainage des régimes permet de limiter la circulation de l'eau et le transport de l'inoculum à la surface des fruits. L'efficience contaminatrice, à concentration d'inoculum constante, a été mesurée en conditions de température et d'humidité contrôlées, en se rapprochant des conditions naturelles. La présence d'eau libre est essentielle et la formation des apressoria ne se fait qu'après plus de 6 h. Les résultats obtenus ont de multiples applications et pourraient permettre de s'affranchir de la lutte chimique après récolte.

Colletotrichum musae est un important champignon pathogène cosmopolite qui provoque l'anthracnose dans les bananiers. Le génome entier de l'isolat GM20 de C. musae (CMM 4420), isolé à l'origine à partir de bananes infectées de l'État d'Alagoas au Brésil, a été séquencé et annoté. L'ADN génomique du pathogène a été séquence sur la plateforme HiSeq Illumina. Le génome de C. musae GM20 a 50 635 197 bp avec une teneur en G + C de 53,74% et dans son assemblée présente 2763 échafaudages, abritant 13 451 gènes présumés d'une longueur moyenne de 1626 bp. La prévision et l'annotation de gènes ont été effectuées par Funannotate, en utilisant un modèle d'identification de gène basé sur BUSCO.

·  Colletotrichum musae est l'agent responsable de l'anthracnose dans les bananes, principale maladie après la récolte dans le monde.

·  • Il s'agit de la première séquence génomique de Colletotrichum musae utilisant un séquençage de nouvelle génération disponible dans une base de données publique.

·  • Les données de génome publiées ici faciliteront les études de Colletotrichum musae sur la biologie, la pathogénicité, l'évolution et les interactions entre pathogènes et hôtes, grâce à des études comparatives du génome de Colletotrichum spp. et espèces apparentées.

Les infections de champignons sur les plantes sont la cause la plus fréquente de pertes importantes en agriculture. Le fait que de nombreux champignons endophytes puissent infecter les cas ajoute à la complexité des agents pathogènes fongiques. La banane (Musa sp.) Est l’une des plus importantes cultures vivrières du monde et un aliment de base pour plus de 400 millions de personnes. Environ 5 millions d’hectares sont produits dans le monde et plus de 100 millions de tonnes sont produites dans le monde. Cependant, les bananiers sont très sensibles aux agents pathogènes, et l'anthracnose causée par des champignons du genre Colletotrichum est parmi les plus fréquents. Colletotrichum comprend plus de 100 espèces pouvant infecter et endommager diverses cultures dans le monde.

Du fait de son omniprésence, de sa capacité de destruction substantielle et de son importance scientifique en tant que modèle de pathosystèmes, Colletotrichum spp. font partie des 10 principaux agents phytopathogènes les plus importants selon la communauté internationale des chercheurs en phytopathologie. Colletotrichum musae (Berk. Et MA Curtis), l'agent responsable de l'anthracnose, est un agent pathogène majeur des bananiers après la récolte et provoque de graves pertes de récoltes au niveau mondial. La maladie se développe à partir d'une infection fongique latente pendant la période précédant la récolte, due aux spores présentes dans les fruits immatures sur le terrain. Des symptômes tels que des taches sur l'écorce (couleur brune à noire) et des lésions dépressives apparaissent lors de la maturation des fruits. En outre, sous forte humidité, on peut observer la formation d'acervuli de couleur saumon. L'infection entraîne donc une réduction de la viabilité des fruits pendant les périodes de maturation, de transport et de stockage, ce qui entraîne une dépréciation commerciale et réduit la durée de conservation des fruits.

Des fongicides chimiques sont généralement adoptés pour contourner les pertes après récolte, mais d’autres méthodes parallèles (par exemple, radiothérapie, élimination de l’eau chaude, réfrigération, résistance induite et agents de lutte biologique) ont également été appliquées. Cependant, l'utilisation de fongicides chimiques a été limitée par des effets nocifs potentiels sur la santé humaine et l'environnement. En outre, il est connu que les agents pathogènes fongiques développent rapidement une résistance aux défenses chimiques.

En outre, l’absence de séquences génomiques disponibles chez C. musae est l’une des principales limitations à une meilleure caractérisation des déterminants de la virulence des champignons et à la mise au point de stratégies de gestion améliorées. Nous rapportons ici, pour la première fois, la séquence complète du génome de la souche GM20 de C. musae (CMM 4420) isolée à partir de bananes infectées d’Alagoas, dans le nord-est du Brésil.

Ces dernières années, plusieurs génomes de champignons phytopathogènes ont été publiés, stimulant la découverte de déterminants de la virulence chez ces espèces. De manière attendue, notre analyse encouragera la poursuite des études sur la biologie de C. musae, ce qui devrait fournir de meilleurs détails sur l’interaction hôte-pathogène, ce qui conduira à de nouvelles mesures de gestion.