Clonostachys rosea protège les plantes contre Botrytis cinerea («moisissure grise») en supprimant la production de spores . Ses hyphes se sont avérés s'enrouler autour, pénétrer et se développer à l'intérieur des hyphes et des conidies de B. cinerea .
Les nématodes sont infectés par C. rosea lorsque les conidies du champignon se fixent à leur cuticule et germent, produisant ensuite des tubes germinatifs qui pénètrent dans le corps de l'hôte et le tuent.
En 2008, un isolat de Clonostachys rosea (NRRL 50072) a été identifié comme produisant une série de composés volatils similaires à certains carburants existants. Cependant, la taxonomie de cet isolat a été révisée plus tard à Ascocoryne sarcoides.
