Geotrichum candidum

Geotrichum candidum est un champignon qui fait partie du microbiome humain , notamment associé à la peau, aux expectorations et aux matières fécales où il est présent dans 25 à 30% des échantillons.  Il est commun dans le sol et a été isolé du sol collecté dans le monde entier, sur tous les continents. 

G. candidum est l'agent causal de la géotrichose de la maladie humaine , la maladie des plantes pourriture aigre qui infecte les agrumes , les tomates , les carottes et d'autres légumes.  Il peut affecter les fruits récoltés de durians tels que Durio graveolens . 

G. candidum est largement utilisé dans la production de certains produits laitiers, notamment les fromages à croûte tels que le camembert , le saint-nectaire , le reblochon et autres. Le champignon peut également être trouvé dans un produit de type yogourt nordique connu sous le nom de viili où il est responsable de la texture veloutée du produit. 

Dans une étude de 2001, G. candidum s'est avéré consommer le polycarbonate trouvé dans les CD .  Cependant, cet effet n'a pas été reproduit.

Taxonomie

Le genre Geotrichum a été décrit par Johann Heinrich Friedrich Link en 1809 pour accueillir l'espèce G. candidum trouvée sur les feuilles en décomposition. Depuis, plus de 130 taxons ont été décrits dans le genre et des centaines de synonymes ont été générés.  Par exemple, G. candidum a été mal classé comme Oidium lactis dans de nombreux premiers ouvrages.  Les espèces de Geotrichum ressemblent aux genres Trichosporon et Protendomycopsis ; Cependant, Geotrichum est ascomycètes affiliation alors que ces derniers sont membres du Basidiomycota . Les espèces de Geotrichum sont parfois prises à tort pour des membres à croissance rapide du genre Diplodiscus , qui sont caractérisés par des hyphes irrégulièrement ramifiés de 10 à 14 μm de large et la production d' asques à spores uniques . Cependant, contrairement à Geotrichum, les membres du genre Dipodascus n'ont pas de ramification dichotomique des hyphes périphériques et leurs taux de croissance sont généralement inférieurs à 3 mm par jour. 

 Phylogénie

Galactomyces candidus , autrefois considéré comme un taxon distinct, s'est avéré être l' état sexuel de G. candidum en utilisant des méthodes basées sur la séquence  Geotrichum candidum au sens large comprend 3 clades , correspondant à l'espèce G. candidum , G. clavatum et G. fici , qui auraient tous un potentiel pathogène.  Les espèces de Geotrichum peuvent être différenciées par analyse de séquence de la grande sous-unité ribosomale nucléaire ( ARN ribosomique 18S ) ou de l' espaceur transcrit interne région du gène de l'ARN ribosomal nucléaire. 

Anamorphe

Les colonies de G. candidum sont minces, étalées, molles, crémeuses et blanches à l' état anamorphe .  Le champignon G. candidum est caractérisé par des hyphes qui semblent rampants, principalement submergés et cloisonnés .  La couleur des hyphes semble être hyaline ou légèrement pigmentée.  Lorsque les hyphes deviennent en suspension dans l'air, ils changent de forme d’arthroconidie en cylindrique ou en forme de tonneau ou ellipsoïdal. ^Les chlamydospores sont sous-globuleuses, solitaires, portées sur des hyphes indifférenciés.  ^Les blastoconidies se développent parfois sur les hyphes latéralement. Les conidies apparaissent arthrosporeuses, terminales ou intercalaires, aériennes sur une surface de gélose. La taille des conidies varie de 4,8 à 12,5 μm x 2,4 à 2,5 μm.

Téléomorphe

On pense que G. candidum est homothallique mais la plupart des isolats sont autostériles.  La reproduction sexuée a été observée pour la première fois dans des souches isolées des sols de Porto Rico .  Le champignon produit des asques globuleux qui contiennent une seule ascospore à paroi épaisse, non nucléée , globuleuse à ovale mesurant 6–7 μm sur 7–10 μm.  Les ascospores ont une paroi interne lisse et une paroi externe sillonnée.  Les septa sont perforés par des microspores , disposées en structure annulaire. Les colonies semblent croître plus rapidement au stade sexuel qu'au stade asexué. Les colonies se développent à une vitesse de 5 à 7 mm par jour à 24 ° C (75 ° F).

Geotrichum candidum forme une colonie à croissance rapide qui peut atteindre 5 à 6 cm de diamètre à 5 jours sur gélose Sabouraud-glucose, gélose au moût et milieux synthétiques. Au microscope, la croissance est caractérisée par la production d' hyphes ramifiés de manière dichotomique qui ressemblent à des diapasons le long de la marge de la colonie. Les chaînes condiales deviennent aériennes, dressées ou décombantes et mesurent 6–12 (−20) x 3–6 (−9) μm. Le champignon peut se développer sur une variété d'agrumes et provoquer la pourriture aigre. Il a tendance à provoquer la pourriture des fruits conservés entre 0 et 5 ° C (32 et 41 ° F). Les conidies sont incolores et ont un revêtement visqueux.  G. candidum se trouve également occasionnellement dans l'intestin humain, les selles , les expectorations et sur la peau. Le champignon pousse dans le sol, l'eau, les eaux usées, divers substrats végétaux, la pâte de boulanger, les cosses de fermentation, le pain, le lait et les produits laitiers  La température optimale pour la croissance est de 25 ° C (77 ° F) avec une plage de pH de 5,0 –5,5.  La plage de température change en fonction de la surface sur laquelle le champignon se développe. Par exemple, dans les plantes, la température optimale varie de 25 à 27 ° C (77 à 81 ° F). Chez les animaux, la température optimale varie de 30 à 31 ° C (86 à 88 ° F).  La température maximale de croissance est de 35 à 38 ° C (95 à 100 ° F).  La croissance fongique peut être soutenue par le D-glucose , le D-mannose , le D-xylose , le L-sorbose ,D-fructose , D-galactose , saccharose , D-mannitol , SorbitolD-sorbital , éthanol et glycérol . La sporulation nécessite souvent un équilibre de carbone et d'azote.

G. candidum est extrêmement commun dans le sol et a été isolé de substrats au Canada , aux États-Unis , en Grande - Bretagne , en Allemagne , en Autriche , en Inde , en Afrique du Sud , au Japon , au Brésil et au Pérou .  On le trouve également comme agent causal de la pourriture aigre des agrumes - une pourriture molle associée à l'émission d'une odeur fruitée.  Le champignon est également connu comme un agent d'altération post-récolte du melon musqué, de la courge et du concombre. Elle joue un rôle dans la pourriture des tomates lorsqu'elle est conservée entre 0 et 5 ° C (32 et 41 ° F). 

C'est un colon naturel de certains produits laitiers, en particulier les fromages, et est parfois utilisé pour inoculer les fromages à croûte lavée et à croûte fleurie . 

G. candidum peut être utilisé dans le commerce pour inoculer lavage-couennes et croûte bloomy fromages.  ^Les cultures peuvent être ajoutées au lait, à la saumure ou vaporisées sur la surface du fromage. La gamme optimale de pH pour la croissance du fromage varie de 4,4 à 6,7. Le champignon colonise presque toute la surface du fromage au cours des premiers stades de l'affinage. On le retrouve sur les fromages à pâte molle comme le camembert et les fromages mi-durs Saint-nectaire et Reblochon.  Pour le camembert, les champignons poussent à l'extérieur du fromage en formant une croûte.  Le champignon est responsable de la robe uniforme, blanche et veloutée du fromage Saint-Marcellin .  Les lipases et protéases de G. candidum libèrent des acides gras et des peptides qui confèrent au fromage des saveurs distinctives. G. candidum réduit l'amertume du camembert grâce à l'activité des aminopeptidases qui hydrolysent les peptides hydrophobes de bas poids moléculaire. Les aminopeptidases apportent également un arôme au camembert normand traditionnel. Le champignon neutralise également le caillé en catabolisant l'acide lactique produit par les bactéries. G. candidum prépare le fromage à la colonisation d'autres bactéries sensibles aux acides tels que Brevibacterium. Le champignon inhibe la croissance de la bactérie Listeria monocytogenes . ^[20]Des souches commerciales de G. candidum sont disponibles pour l'affinage du fromage.