Thielaviopsis basicola

Thielaviopsis basicola est une espèce de champignons pathogènes des plantes de la famille des Ceratocystidaceae. Ce champignon est présent en Europe ainsi qu'aux États-Unis et en Australie. C’est un champignon du sol qui attaque de nombreuses espèces maraîchères, et notamment les cultures d'endives, provoquant une pourriture noire des racines. C'est l'un des champignons responsables de la fonte des semis.

Thielaviopsis basicola

Vue au microscope de chlamydospores (en noir) et d'endoconidies (en transparence) de Thielaviopsis basicola

Classification selon Catalogue of Life
^Règne	*^Fungi*
^{Embranchement}	*^Ascomycota*
^Classe	*^{Sordariomycetes}*
^Ordre	*^Microascales*
^Famille	*^{Ceratocystidaceae}*
^Genre	*^{Thielaviopsis}*

Espèce

Thielaviopsis basicola
(Berk. & Broome) Ferraris 1912

Classification : Fungi, Ascomycota, Sordariomycetes, Hypocreomycetidae, Microascales, Ceratocystidaceae
- Synonyme : Chalara elegans Nag Raj & W.B. Kendr., (1975)
- Dénomination anglaise : black root rot

Généralités

- Champignon présent dans de nombreux pays du monde et attaquant de très nombreux hôtes cultivés, et notamment quelques légumes (tomate, aubergine, , melon, carotte, haricot, etc.) ;
- Favoriser par les conditions froides et humides, avec des développements racinaires réduit, voire stoppé.

- Apprécie les sols humides, mais surtout froids. Son optimum thermique se situe normalement aux alentours de 17-23°C ;

- Le pH du sol influence son comportement ; à pH acide (aux alentours de 5,6), il est normalement moins actif. L'apport de calcium dans le sol peut augmenter son développement.

Signes

- Arthroconidies (chlamydospores), typiques de Thielaviopsis basicola, visibles sur et dans les tissus racinaires ;

- Endoconidies rectangulaire, germent à proximité des racines et les pénètrent soit directement à travers l'épiderme, soit par l'intermédiaire de blessures. Le champignon colonise rapidement les tissus du cortex et des vaisseaux qu'il fait pourrir.

- Moins fréquemment, phialides très allongées produisant des endoconidies (10-23 x 3-5 µm) cylindriques et hyalines.

Symptômes sur racines et organes enterrés

- Altérations plus ou moins brunes sur les racines, pourriture racinaire sur certains hôtes sensibles ;

- Faible développement et chlorose des plantes affectées. Elles flétrissent parfois durant les journées chaudes.

Thielaviopsis basicola (aussi appelé Chalara elegans) est certainement l'agent pathogène le plus fréquent et le plus dommageable sur tabac si les variétés cultivées ne sont pas résistantes. On retrouve aussi bien ce champignon dans les pépinières traditionnelles (dans lesquelles l'hygiène laisse à désirer) que dans les semis flottants. Il est responsable de la "pourriture noire des racines" du tabac ("black root rot") (figures 1 et 2). Ce champignon est assez aisément identifiable car on peut observer au microscope, voire à la loupe binoculaire, ses chlamydospores brunes sur et dans les cellules du cortex des racines (figure 3).

Soulignons que nous avons pu constater à plusieurs reprises que ce champignon est très présent dans l'environnement des pépinières et que des recontaminations se produisent facilement si on n'y prend pas garde. Ajoutons, qu'en plus des dégâts qu'il occasionne en pépinière, il représente aussi un grave danger pour la culture à venir. En effet, si les producteurs ne sont pas vigilants, ils infecteront leurs sols à la plantation par l'intermédiaire de leurs plants contaminés. Il est donc impératif de ne pas planter de plants contaminés.

Figure 1

Figure 2

Figure 3

Le champignon Thielaviopsis basicola affecte une vaste gamme d’hôtes, particulièrement les plantes ornementales (bégonia, cyclamen, fuchsia, gerbéra, pensée, poinsettia, etc.) et les légumes (carotte, concombre, haricot, pois, tomate). La pourriture noire des racines est généralement fréquente et mineure chez les plantes ornementales. À l’occasion, les pertes de plants peuvent être très importantes. Sur les organes affectés, la coloration noire caractéristique de cette maladie est causée par les chlamydospores.

Symptômes

Feuille : présence de jaunissement, de défoliation, de rabougrissement et de flétrissement. Les symptômes foliaires sont une conséquence du mauvais fonctionnement du système racinaire.

Collet : présence de fentes longitudinales noires, de renflement et d’une pourriture noire.

Racine : au début, présence de petites lésions rouges à brunes. Elles s’agglomèrent, forment des zones irrégulières de 3 à 20 mm de diamètre, sont distribuées au hasard sur l’épiderme et deviennent noires. Le système racinaire peut devenir complètement noir et pourrir. Les lésions sont superficielles ou entrent profondément dans le cortex. Retard de croissance de la racine pivotante.

Ne pas confondre

Cette maladie peut être confondue avec d’autres maladies racinaires causées par différents champignons (Fusarium spp., Phytophthora spp. et Pythium spp.) mais particulièrement par Rhizoctonia solani. Dans ce cas, les lésions sont plus humides que celles produites par Thielaviopsis.

Les symptômes foliaires peuvent être confondus avec une carence minérale.

Cycle vital

Le champignon Thielaviopsis basicola survit plusieurs années dans les sols ou les résidus de culture sous la forme de chlamydospores. La germination des chlamydospores est optimale à 25 °C et stimulée par les exsudats racinaires et survient lorsque le pH du sol se situe entre 5,0 et 8,5. Les hyphes pénètrent directement la plante ou entrent par les blessures ou les orifices naturels. Les hyphes croissent entre et dans les cellules de la plante et produisent des chlamydospores et des endoconidies. La maladie est plus importante lorsque les plants croissent dans un sol frais (13 à 17 °C), mal drainé et dont le pH est neutre à alcalin (> 7). Cette maladie est principalement propagée par le matériel, le sol et le substrat organique, les surfaces de travail mal nettoyées et désinfectées et l’eau (éclaboussure). Le champignon peut se propager d’un plant infecté à un plant sain par contact racinaire. En serre, la sciaride (Bradysia spp.) et l’aleurode des serres (Trialeurodes vaporariorum) sont des vecteurs importants de la maladie.

Méthodes de lutte

Une fois la maladie installée, la lutte phytosanitaire est ardue. De bonnes mesures prophylactiques sont à privilégier pour éviter son développement. En serre, acheter du matériel végétal sain, éviter de réutiliser le matériel contaminé (pot, plateau multicellule, substrat), les stress hydriques, la fertilisation excessive et les températures basses du sol. Maintenir le pH du sol à 5,6, enlever et détruire le matériel infecté, stériliser le matériel et contrôler les insectes. La lutte chimique est efficace lorsqu’utilisée en prévention.

Ce champignon colonise progressivement les racines.
Il y provoque de nombreuses altérations brunes à noires sur toute leur longueur et détruit une grande partie des radicelles.

A terme, une grande partie du système racinaire présente une pourriture noire.
Les grosses racines portent des manchons superficiellement subérisés de couleur brune à noire.

Les plantes affectées sont peu développées et chlorotiques. Elles flétrissent parfois durant les heures chaudes.

Cycle de développement

Thielaviopsis basicola se conserve très longtemps dans le sol grâce à ses chlamidospores.
Il est capable de coloniser la matière organique.
Les chlamidospores germent à proximité des racines. Ils pénètrent directement à travers l’épiderme ou par les blessures.
Le champignon colonise rapidement les tissus du cortex et des vaisseaux qu’il fait pourrir.
Dans et sur les tissus lésés, il forme des chlamidospores et des conidies qui sont facilement disséminées par l’eau et les poussières de sol.
La propagation est également possible par les outils de travail du sol ainsi que par les plants de tabac.

Facteurs favorables

Les sols humides et surtout froids sont particulièrement favorables à son développement.
L’apport de calcium dans le sol augmente l’incidence de la maladie.
Ce champignon est moins actif à un pH acide (environ 5,6).
Il en est de même lorsque les températures s’élèvent.
Il infecte plus de 120 espèces (tomate, aubergine, haricot, lupin, soja, pois, luzerne) qui contribuent à le multiplier et le conserver.
Il se conserve également dans les plateaux de polystyrène employés pour les semis flottants.

Dégâts

Ce champignon se développe aussi bien en pépinière qu’au champ avec des dégâts graves au niveau de la partie souterraine des plantes.
Conjointement au développement des tabacs blonds en France, Thielaviopsis basicola est vite devenu un des principaux facteurs limitants de cette production.
La situation, critique des années 80 s’est considérablement améliorée grâce à l’introduction de variétés résistantes.
Ce champignon est présent dans les zones de production avec un climat frais (Canada, USA, Italie, Allemagne).

Mesures prophylactiques

- Eliminer absolument les plants contaminés en pépinière, d’autant plus qu’il n’existe aucun moyen de lutte curative.
- Traiter préventivement les substrats.
- En culture, favoriser un enracinement complémentaire des plantes affectées par un buttage.
- En fin de culture, éliminer les tiges et système racinaire pour éviter d’enrichir le sol en débris végétaux infectés et en chlamydospores.
- Utiliser des substrats sains.
- Si nécessaire, désinfecter avec un fumigant.
- Pratiquer des rotations longues ( 4 à 5 ans).
- Ne pas introduire d’autres cultures sensibles dans la rotation.
- En cas de risques avérés, utiliser un précédent céréales ou sorgho.
- Maintenir un pH du sol au environ de 6.
- Bien maîtriser la fertilisation.
- Cultiver le tabac sur des parcelles bien drainées.
- Utiliser les variétés résistantes (c'est la méthode la plus efficace pour contrôler cette maladie).
- Se méfier de l'utilisation des variétés tolérantes qui contribuent à augmenter le taux d’inoculum de ce champignon très dangereux.